下記のことをした後に見つけたのですが、これの3つ目の解決方法のみ試していなかったのでやるべきでした... なぜか二つ目まではやってもうまくいかなかったんですが(マウントをするとできるようになるという情報も見ました)。
環境変数 HOME を参照してくれず、 /home を参照してしまうのであれば、最初からその場所を使うというだけのお話。
自分の場合は D:\MSYS\USER_NAME を HOME としていたので、再インストールしてインストール場所を D:\msys64\ とし、環境変数 HOME を D:\msys64\USER_NAME とした。
その後、元のホームディレクトリにあったファイルやディレクトリなどを持ってきて、ホームディレクトリの場所が変わったことにより何かエラーが出ていれば解決をして終了。
